康熙三十九年从开业之初，同仁堂就十分重视药品质量，并以严格的管理作为保证。创始人乐显扬的三子乐凤鸣子承父业，康熙四十一年（1702年）在同仁堂药室的基础上开设了同仁堂药店，他不惜五易寒暑之功，苦钻医术，刻意精求丸散膏丹及各类型配方，分门汇集成书。
      乐凤鸣在该书的序言中提出“遵肘后，辨地产，炮制虽繁，必不敢省人工；品味虽贵，必不敢减物力”，为同仁堂制作药品建立起严格的选方、用药、配比及工艺规范，代代相传，培育了同仁堂良好的商誉。

 清雍正元年“同仁堂” 以配制的中成药疗效显著而名声大震，并承办宫廷药料（可预领官银，享有御赐特权）。

 清乾隆十八年铺房大火烧尽，主事人乐以正病亡。

   1818至1837清嘉庆二十三年至道光十七年经营困难，曾招他人入股承治，且二度典与他姓（外股参入），但乐氏仍保留铺东之位。

乐平泉（1810—1880），字清安，号印川，先抚族人，经营有方，于1843年收回外姓股资，偿清债务，重回乐氏家族。

1875至1911清光绪元年至宣统四年同仁堂未领到承办宫廷药料的官银，清皇室还赊账十八万两白银之多。

1880光绪六年乐平泉，遗孀许氏持铺务二十余年，亡故后形成乐氏“四房共管”。

同仁堂乐氏家族第十三代嫡传乐笃周，受命筹备北京同仁堂南京分号。

设立中华路31号的北平同仁堂京都乐家老铺南京分号开业，同年，“南京同仁堂分号”（后标南京同仁堂总号）老白下路31号又开设“南京同仁堂支号”。

南京同仁堂业务扩大，从北京同仁堂调20名员工来南京分号工作。

南京同仁堂在中央商场内开设“南京同仁堂支店”，同年，在中华路31号原址翻盖营业生产大楼，当年投入使用。

12月，日本侵略军攻占南京，南京同仁堂营业大楼遭焚烧，被迫停业。

南京同仁堂营业生产大楼修整复业。

北京同仁堂总号执事乐达仁来南京同仁堂检查工作，对南京分号的经营管理与北京总号一脉相承，表示满意。

10月，中华人民共和国成立后，公方代表进驻南京同仁堂。

9月，南京同仁堂公私合营工作组草拟“同仁堂南京分号公私合营方案”。

11月，南京同仁堂资方代理人和公方代表联合向南京市人民政府递交公私合营申请报告。

10月，南京市人民政府批准南京同仁堂公私合营名称为“公私合营南京同仁堂国药号股份有限公司”。当年，生产中成药44个品种，产值24.80万元。约占南京市中成药生产的98%。

8月2日，“公私合营南京同仁堂国药号股份有限公司”更名“公私合营南京同仁堂制药厂”。

10月，厂新址选定在雨花台区中华门外眼香庙32号（后改窑岗村32号），经南京市城市规划局批准同意征地9225.6平方米。

11月，更名“南京中药厂”。

9月新厂区的基建工程基本完成。

10月，本厂在中华路218号、224号等的生产车间迁入新厂区。同年，新厂区共安装生产设备88台（套）”。

厂新产品试制组研制的“排石汤”（后改排石冲剂）开始立项。

11月，经批准“排石汤”（后改排石冲剂）投入生产。

排石冲剂批量开始出口。

2月，“排石冲剂”获江苏省科技成果奖。

11月，排石冲剂获江苏省优质产品证书、江苏省优质名牌著名商标证书。

5月，恢复南京同仁堂制药厂厂名。

1月，骨刺片获江苏省科技成果奖。

12月，排石冲剂获国家医药管理局优质产品证书。同年，企业被国家医药管理局划为全国56家重点中药厂之一。

5月31日，企业通过全面整顿验收并取得合格证。

8月，“石斛夜光丸”获国家医药管理局优质产品证书。

10月，牛黄清心丸、大活络丹，排石冲剂分别获国家经贸部授予的“出口产品、品质优良”荣誉证书。

排石冲剂获国家银质奖证书。

9月15日，“同乐”商标，经中华人民共和国工商行政管理局商标局注册，并批准使用；同月，牛黄消炎丸获省优质产品称号。

1月，成立厂中成药研究所。同年，本厂通过省级先进企业审评，在全省同行业中首家获得省级先进企业称号。

9月，中医药管理局（1989）国医经字第27号文：本厂晋升国家二级企业。

12月，石斛夜光丸获国家中医药管理局优质产品奖。

牛黄清心丸获江苏省优质产品证书。

10月22日，我厂与新加坡裕丰参茸药行正式签约成立中新合资南京同仁堂裕丰制药有限公司。

11月3日，本厂荣获江苏省医药行业优秀企业称号。

12月，排石冲剂获市政府颁发的“南京市名牌产品证书”。

12月12日，本厂被中华人民共和国内贸部授予“中华老字号”证书。

12月28日，排石冲剂被国家医药管理局推荐为“1995年中国中药名牌产品”。

8月20日，止嗽化痰颗粒被国家经贸委认定为“1996年度国家级新产品”称号”。

8月29日，三类新药乳宁颗粒获卫生部颁发的新药证书。

12月，止嗽化痰颗粒获国家级重点新产品证书。

4月21日，南京同仁堂制药厂进入南京医药集团。

11月9日，南京同仁堂制药厂改制为南京同仁堂药业有限责任公司，公司由南京医药集团与南京同仁堂制药厂职工持股会共同投资，其中：南京医药集团持股65.9％，南京同仁堂制药厂职工持股会持股34.1％。

8月，乳宁颗粒获1999年度国家级新产品称号。
11月25日,在企业所属销售公司基础上改制组建南京医药同乐药业有限公司成立。

2月，“南京同仁堂医药科技发展有限公司”成立。

7月，南京同仁堂药业有限责任公司被市科委认定为“高新技术企业”。

公司同乐牌乳宁颗粒、止嗽化痰颗粒、排石颗粒获省名牌产品认定委员会授予的“江苏省名牌产品”称号。

3月，南京医药集团有限责任公司将所持有的“南京同仁堂有限责任公司”股权的55％转让给南京医药股份有限公司，另将10.9％股份转让给南京同仁堂制药厂职工持股会。变更后的持股比例为南京医药股份有限公司占总股本55%，南京同仁堂制药厂职工持股会占总股本45%。

9月3日，我公司止嗽化痰颗粒、乳宁颗粒被省科技厅认定为“二00一年江苏省高科技产品”。

10月18日，我公司技术中心被认定为“南京市企业技术中心”。

11月20日，全公司九个剂型整体一次性通过国家GMP认证，开全国中成药行业GMP认证整体一次性通过之先河。

2月9日，我公司乐家老铺牌排石颗粒、止嗽化痰颗粒、乳宁颗粒荣获二00二年度江苏省名牌产品称号。
     2月10日，我公司乐家老铺牌排石颗粒荣获二00二年度南京市名牌产品称号。
     6月23号，市科技 局再次授予我公司为二00三年度南京市高新技术企业称号。
     9月3日，江苏省科学技术厅认定我公司为江苏省第十二批高新技术企业。
     9月29日，我公司荣获中国质量协会用户委员会授予的“二00三年全国用户满意企业”称号。
     10月8日，我公司荣获南京质量协会授予的“南京市用户满意企业”称号；乐家老铺牌排石颗粒荣获“南京市用户满意企业”称号；我公司售后服务荣获“南京市用户满意服务”称号。
     11月18日，经中国诚信证券评估有限公司江苏分公司专家委员会审定，授予我公司AAA级资信等级证书。
     12月，我公司荣获江苏省精神文明建设指导委员会授予的2001～2002年度江苏省文明单位荣誉称号。

1月7日，我公司产品乐家老铺牌排石颗粒经市名牌产品认定委复审认定为二00三年度南京市名牌产品称号。

1月17日，我公司产品痔疮止血颗粒荣获市政府授予的二00三年度市科技进步奖称号。

6月12号，江苏省质量管理协会授予我公司二00三年度江苏省质量效益型先进企业称号。

6月28日，我公司产品痔疮止血颗粒被评为二00四年南京市高新科技产品。我公司与新加坡裕丰参茸药行合资经营的南京同仁堂裕丰制药有限公司于二00三年十二月三十日经营期满，二00四年八月二十四日，经南京市工商行政管理局批准注销。

9月17日，我公司产品乐家老铺牌排石颗粒荣获中国质量协会用户委员会授予的二00四年全国用户满意产品称号。

10月18日，南京市人民政府授予我公司二00四年度南京市质量管理奖称号。

1月23日，公司产品乐家老铺牌排石颗粒、乳宁颗粒、止嗽化痰颗粒荣获二00四年江苏省名牌产品称号。

1月26日，我公司乐家老铺牌排石颗粒经复审认定为南京市名牌产品。

6月，公司产品痔疮止血颗粒获国家重点新产品证书；我公司复评通过为市高新科技企业。

9月，中国质量协会全国用户委员会经复评，继续授予我公司全国用户满意企业称号。

10月18日，公司获南京质量协会授予的“南京市用户满意服务”荣誉称号。

11月，省科技厅经复评，继续授予我公司“江苏省高新技术企业”称号。

6月30日，南京同仁堂医药科技发展公司经南京市工商局登记注销。

9月11日，我公司产品乐家老铺牌排石颗粒被中国质量协会用户委员会评为全国用户满意产品。

9月19日，公司被市科技局复评为南京市高新技术企业。

10月，南京市质量协会授予我公司“南京市用户满意企业”称号。

10-11月，排石颗粒被评为南京市用户满意产品及高新科技产品。

11月7日，我公司被商务部认定为第一批“中华老字号”企业。

11月17日，我公司乐家老铺文字图形经市工商局认定为南京市著名商标。

3月1日，公司乐家老铺牌排石颗粒被评为2006年度南京名牌产品。

10月15日，公司乐家老铺牌乳宁颗粒被南京市科技局认定为2001年南京市高新技术产品。

10月20日，公司获南京市质量协会授予的“南京市用户满意服务”称号。

10月28日，公司顺利通过由南京市经信委、市环保局、南京医药产业集团组织的清洁生产审核验收，被评为二级先进水平。

12月20日，子公司南京医药同乐药业有限公司经过现场认证检查符合GSP规范，通过GSP重新认证。

12月25日，公司“乐家老铺及图形”商标被授权“江苏省著名商标”。

3月4日，公司荣获江苏省科技厅、省财政厅、省国税局、省地税局联合授予的“江苏省2009年度第一批高新技术企业称号”。

4月27日，时任南京市委书记朱善璐同志来公司视察并指导工作。

5月4日，国家工商行政管理局商标评审委员会商评字【2009】第11730号裁定书认定公司“乐家老铺及图”商标为中国驰名商标。

1月，公司荣获2009年度南京医药行业质量管理先进企业称号。

3月26日，公司重点品种乳宁颗粒被再次列为国家二级重要保护品种。

5月，乐家老铺牌排石颗粒再次荣获南京市政府授予的南京名牌产品称号。

10月，分别又被南京市工商局、市政府评委“重合同守信用”企业，并再次荣获中国质量协会颁发的“全国用户满意企业”证书。

3月，根据国家食品药品监督管理局《关于基本药物进行全品种电子监管工作的通知》要求，公司完成电子监管各项基础工作，全面联网运行。

5月，公司顺利通过江苏省环保厅第七批重点企业清洁生产审核。

6月，公司再次被南京市政府、市工商局评为“重合同守信用企业”。

12月，乐家老铺牌排石颗粒、乳宁颗粒、止嗽化痰颗粒再次荣获江苏省名牌产品证书。

5月，公司深化改革，调整公司领导班子，引进新的经营团队，确定了“一体两翼”、创新营销模式等发展战略。

7月17日，营销中心正式成立，下设四个事业部、六个职能部门；9月之后，普药事业部、处方基药事业部、国际贸易及连锁事业部相继成立。

11月，与南京高新开发区管理委员会签订投资入园协议，拟投资5.3亿元，进行新版GMP达标改造。

2月18日，公司与中国医药集团联合工程有限公司（原武汉医药设计院）签订新版GMP达标改造设计合同。

6月，公司官方微信公众号及网站上线，开启南京同仁堂自媒体传播。

8月，子公司南京同仁堂药事服务有限公司（后更名为南京同仁堂医药营销有限公司）顺利通过江苏省认证中心的新版GSP现场认证检查。

9月1日，子公司南京同仁堂乐家老铺投资股份有限公司正式成立，药医一体化项目正式启航。

11月，公司乐家老铺牌养血补肾丸、黄芩颗粒、羚羊感冒口服液、山菊降压胶囊、消风止痒颗粒、止嗽化痰颗粒、阳春胶囊等产品荣获江苏省科技厅颁发的江苏省高新技术产品证书。

11月，经江苏省科技厅审定，公司“江苏省中药制剂工程技术研究中心”正式挂牌。

1月10-13日，顺利通过江苏省认证中心检查组对我公司前处理、提取以及各剂型进行的2010版GMP现场认证检查，2月份获得新版GMP证书。

5月17日，营销公司召开“南京同仁堂营销精英俱乐部成立大会暨首届战术研讨会”。

6月，公司获得新版GMP达标改造项目用地土地证；

8月项目办整体进驻工地现场办公。

7月，公司获江苏省科技厅、财政厅、国税局、地税局联合授予的“江苏省2015年第一批高新技术企业”。

9月17日，公司安全生产标准化建设（三级）通过检查验收。

4月，公司被评为2016年度江苏省优秀企业，总经理浩健，副总经理、营销公司总经理罗时璋荣获江苏省优秀企业家荣誉称号。

7月13日，南京同仁堂文化营销荣获2015年度OTC市场营销“青铜”美誉。

8月22日，南京同仁堂“安宫牛黄丸”荣获品牌锐榜。

10月26日，南京同仁堂举行GMP达标改造项目开工奠基仪式，标志着新厂工程建设进入实际施工阶段。

11月22日，公司六味地黄丸荣登2015-2016年度中国药品品牌榜新锐榜，排石颗粒荣登2015-2016年度中国药品零售市场最具魅力品牌榜。

3月10日，排石颗粒、乳宁颗粒、止嗽化痰颗粒等近20个品种，写入新版国家医保目录。

3月16日，公司顺利通过了中知（北京）认证有限公司的知识产权贯标认证审核。

6月，排石颗粒、安宫牛黄丸等产品再次荣获行业品牌榜。

6月15日，公司荣获老字号创新案例先进单位。

9月，公司荣获2016年度中医药百强品牌。

11月，营销公司总经理罗时璋荣获2017“复兴杯”中医药文化突出贡献奖。

12月，新版GMP达标改造项目，一期工程主体结构验收完成。

1月，公司六味地黄丸，养血补肾丸广告陆续在全国卫视投放，开启了南京同仁堂卫视联播的品牌时代。

2月，2018营销工作年会圆满落幕，公司确定”新挑战·新机遇·新品质·新目标·新格局”战略，步入发展新时代。

5月，南京同仁堂安宫牛黄丸荣膺“2018终端营销黄金单品”。

6月，公司单月销售近亿，创造又一新里程碑。

7月，公司营销改制5周年庆典，回顾5年发展路，翻开在新的时代背景下崭新一页。

11月，2018年度中国非处方药企业及产品榜出炉，公司位列第39位，羚羊感冒口服液、养血补肾丸、六味地黄丸等在综合榜单中上榜 。

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